En primer lugar, la base de datos Ortomolecular se apoya fuertemente en las siguientes áreas del conocimiento científico:

1. nutrición, 2. bioquímica, 3. biología celular, 4. fisiología, 5. medicina general, 6. inmunología, 7. alergia, 8. endocrinología, 9. farmacología, 10. toxicología, 11. gastroenterología, 12. parasitología, 13. nefrología, 14. medicina física y terapias de manipulación, 15. odontología, 16. veterinaria, 17. ciencia de los alimentos, 18. la agricultura, 19. climatología, 20. política médica.

Las siguientes modalidades terapéuticas se ajustan a la definición de Ortomolecular : 1. vitaminas, 2. minerales, 3. aminoácidos, 4. ácidos grasos esenciales, 5.  fibra, 6. enzimas, 7. anticuerpos, 8. antígenos, 9.  la terapia de células, 1 . la terapia de quelación, 11. diálisis, 12. plasmaféresis, 13. hidroterapia, 14. terapia térmica, 15. fototerapia-electroterapia (incluyendo la terapia electroconvulsiva), 17. terapia de iones del aire, 18. la terapia de luz, 19. terapia solar, 20. acupuntura, 21. masaje, 22. ejercicio, 23. biorretroalimentación, 24. hipnoterapia y otras psicoterapias.

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Toda la práctica ortomolecular se apoya en una base de los avances básicos de la ciencia de la bioquímica, la biofísica, la fisiología, psicofisiología y la ecología . No evitamos la farmacoterapia o la farmacología, pero si reconocemos sus limitaciones y su potencial de toxicidad. El conocimiento Ortomolecular da mayores opciones de beneficios para los pacientes con menos riesgo de efectos adversos.
Aparte de estas áreas de interés, hay ahora algunas creencias y principios que también distinguen al médico Ortomolecular de profesionales de la salud ortodoxos bien definidas. Por supuesto, todos los médicos hacen apreciar nuestro juramento hipocrático, pero la identidad Ortomolecular nos confiere valores y creencias adicionales. Hipócrates dijo que la primera regla era: ” Primum non nocere “, es decir, ” primero, no hacer daño” . Nosotros, en la práctica Ortomolecular tenemos menos necesidad de la primacía de esa norma, por lo que ya está implícito en la esencia de la práctica Ortomolecular, que es : poner primero la nutrición.
Aquí está una lista de 15 principios que identifican el espíritu de Medicina Ortomolecular:
1 . Ortomolecular es lo primero en el diagnóstico y tratamiento médico. El conocimiento de la utilización segura y eficaz de nutrientes, enzimas, hormonas, antígenos, anticuerpos y otras moléculas de origen natural es esencial para asegurar un grado razonable de cuidado en la práctica médica.
2 . Ortomolecular tienen un bajo riesgo de toxicidad. Drogas farmacológicas siempre llevan a un mayor riesgo y por tanto, con la segunda opción si hay una alternativa de tratamiento Ortomolecular.
3 . Las pruebas de laboratorio no siempre son precisas y los análisis de sangre no reflejan necesariamente los niveles de nutrientes en los órganos o tejidos específicos, sobre todo no en el sistema nervioso. Prueba y ajuste de la dosis terapéutica es a menudo la prueba más práctica.
4 . Individualidad bioquímica es un precepto fundamental de la medicina Ortomolecular. Por lo tanto, la búsqueda de la dosis óptima de nutrientes es un problema práctico. Las megadosis, más grandes que las dosis normales de nutrientes, a menudo son eficaces, pero esto sólo se pueden determinar por ensayo terapéutico. El ajuste de la dosis está indicada en casos de otro modo que no respondan.
5 . La cantidad diaria recomendada (RDA ) de la Food and Nutrition Board están destinados a personas normales y sanas. Por definición, los pacientes enfermos no son normales o sanos y sin posibilidades de ser atendidos adecuadamente por la RDA.
6 . La contaminación ambiental del aire, agua y alimentos es común. La búsqueda de diagnóstico de contaminantes tóxicos está justificada y un “índice de sospecha” es obligatoria en todos los casos.
7 . La salud óptima es un reto de vida.  Las necesidades bioquímicas cambian y nuestras prescripciones Ortomoleculares necesitan cambiar con base en el seguimiento, repetición de  las pruebas y ensayos terapéuticos para permitir la puesta a punto de cada receta y para proporcionar un grado de salud que nunca antes había sido posible.
8 . Trastornos relacionados con nutrientes son siempre tratables y las deficiencias son generalmente curables. Hacer caso omiso de su existencia equivale a negligencia.
9 . Informes de pacientes son generalmente fiables. El paciente debe escuchar a su cuerpo, el médico debe escuchar siempre a su paciente.
10 . Negar la información de los pacientes y el acceso al tratamiento Ortomolecular es negar el consentimiento informado del paciente para cualquier otro tratamiento.
11 . Informar al paciente acerca de su condición, el acceso a toda la información técnica y los informes; respetar el derecho de libertad de elección en la medicina.
12 . Inspire al paciente a darse cuenta de que la salud no es solamente la ausencia de enfermedad, sino el logro positivo de la función óptima y bienestar.
13. La esperanza es terapéutica y las terapias Ortomoleculares siempre son valiosas como fuente de esperanza . Esto es ético, siempre y cuando no haya falsedad o engaño.